Ob ein Krankenhaus seine Steuerbefreiung behält, entscheidet sich nicht an der Satzung, sondern an tausenden Einzelbuchungen im Jahresabschluss – und genau dort beginnt die Arbeit des Wirtschaftsprüfers im Krankenhaus.
Mehr als die Hälfte der deutschen Krankenhäuser wird gemeinnützig oder öffentlich-rechtlich betrieben. Für sie gilt eine steuerliche Sonderregel, die auf den ersten Blick simpel klingt, in der Praxis aber zu einer der streitanfälligsten Fragen des Gemeinnützigkeitsrechts geworden ist: Wann ist der Krankenhausbetrieb ein steuerbegünstigter Zweckbetrieb – und wann rutscht ein Teil der Erlöse in den steuerpflichtigen wirtschaftlichen Geschäftsbetrieb ab? Der Bundesfinanzhof hat allein in den vergangenen Jahren mehrfach zu Chefarztambulanzen, Krankenhausapotheken und Mitarbeitercafeterien entschieden – jedes Mal mit spürbaren Folgen für die Steuerlast und für das, was am Jahresende testiert werden muss.
Das Wichtigste zusammengefasst
- Der Zweckbetrieb „Krankenhaus“ ist nach § 67 AO steuerbegünstigt, wenn mindestens 40 Prozent der Belegungstage auf Patienten entfallen, die nur nach Krankenhausentgeltgesetz oder Bundespflegesatzverordnung abgerechnet werden.
- Nicht alles, was im Krankenhaus passiert, ist automatisch Zweckbetrieb. Der BFH hat entschieden, dass Gewinne aus der Überlassung von Personal und Räumen an ermächtigte Ärzte für ambulante Behandlungen steuerpflichtig sind.
- Auch scheinbare Nebensachen wie die Mitarbeiterkantine können zum Streitfall werden – eine grobe Pauschalquote reicht dem BFH als Nachweis nicht mehr aus.
- Seit dem 1. Januar 2026 gelten höhere Freigrenzen (u. a. 50.000 statt 45.000 Euro nach § 64 Abs. 3 AO), die kleineren Nebenbetrieben etwas mehr Spielraum verschaffen, ohne die Grundpflicht zur Abgrenzung aufzuheben.
- Der Wirtschaftsprüfer Krankenhaus – also der auf Kliniken spezialisierte Jahresabschlussprüfer – kontrolliert, ob diese Abgrenzung tatsächlich sauber dokumentiert ist, bevor es das Finanzamt tut.
Ein Gesetzestext, der mehr Fragen aufwirft als er beantwortet
Grundsätzlich gilt: Wer nach Satzung und tatsächlicher Geschäftsführung ausschließlich gemeinnützigen, mildtätigen oder kirchlichen Zwecken dient, ist von der Körperschaftsteuer befreit. So steht es in § 5 Abs. 1 Nr. 9 KStG, und so weit ist die Sache eigentlich klar. Kompliziert wird es erst, sobald eine gemeinnützige Körperschaft nebenbei wirtschaftlich tätig wird – was bei einem Krankenhaus praktisch immer der Fall ist. Sobald ein wirtschaftlicher Geschäftsbetrieb entsteht, entfällt die Steuerbefreiung für diesen Teil. Es sei denn, er zählt selbst als Zweckbetrieb.
Für Krankenhäuser regelt genau das § 67 AO. Der Betrieb gilt als Zweckbetrieb, wenn ein bestimmter Mindestanteil der Belegungstage auf Patienten entfällt, für die ausschließlich Entgelte nach dem Krankenhausentgeltgesetz oder der Bundespflegesatzverordnung berechnet werden. Konkret heißt das: mindestens 40 Prozent der Belegungstage. Der Gesetzgeber wollte damit verhindern, dass ein Krankenhaus überwiegend privatärztliche oder wahlärztliche Leistungen erbringt und trotzdem vollständig steuerbefreit bleibt.
Klingt nach einer klaren Rechenregel. Ist es aber nur auf den ersten Blick. Denn der Zweckbetrieb umfasst ausschließlich die eigentlichen Krankenhausleistungen an die Patienten selbst – nicht automatisch jede wirtschaftliche Aktivität, die zufällig im selben Gebäude stattfindet. Genau an dieser Trennschärfe entzünden sich seit Jahren die Streitfälle vor den Finanzgerichten.
Drei Urteile, ein gemeinsames Muster
Am 14. Dezember 2023 hat der Bundesfinanzhof gleich zwei Urteile veröffentlicht, die für Klinikträger bis heute nachwirken (Az. V R 2/21 und V R 28/21). Es lohnt sich, beide Fälle etwas genauer anzuschauen, weil sie zeigen, wie fein die Linie zwischen „steuerfrei“ und „steuerpflichtig“ tatsächlich verläuft.
Fall eins: die Chefarztambulanz. Viele Krankenhäuser stellen ihren angestellten Ärzten Räume, Personal und medizinisches Material zur Verfügung, damit diese im Rahmen einer Ermächtigung nach § 116 SGB V ambulante Behandlungen anbieten können. Auf den ersten Blick wirkt das wie eine ganz normale Krankenhausleistung. Der BFH sah das anders: Die Gewinne aus dieser Personal- und Sachmittelgestellung gehören nicht zum Zweckbetrieb, sondern zum steuerpflichtigen wirtschaftlichen Geschäftsbetrieb – selbst wenn die Behandlung physisch im Krankenhaus stattfindet. Ausschlaggebend war für die Richter, dass es sich um eine eigenständige ärztliche Leistung des Arztes handelt, nicht des Krankenhauses.
Fall zwei: die Kantine. Im selben Verfahren ging es außerdem um die Mitarbeitercafeteria. Hier hatte das Finanzgericht pauschal 15 Prozent der Cafeteria-Ausgaben dem Zweckbetrieb zugeordnet – eine Schätzung, die dem BFH zu grob war. Er verwies den Fall zurück und forderte einen realitätsnahen Aufteilungsmaßstab, etwa das tatsächliche Verhältnis zwischen den Einnahmen von Mitarbeitern und denen sonstiger Gäste. Eine Kantine mag nach Nebensache klingen. Steuerlich ist sie es nicht, sobald sie sowohl Mitarbeitern als auch Externen offensteht.
Fall drei: die Krankenhausapotheke. Nicht jede Entscheidung fiel gegen die Kliniken aus. In einem weiteren Verfahren stellte der BFH klar, dass die Medikamentenausgabe durch Krankenhausärzte – auch im Rahmen einer Nebentätigkeit – dem Zweckbetrieb zugerechnet werden kann, solange ein erkennbarer Bezug zur eigentlichen Krankenhausbehandlung besteht.
Was verbindet diese drei so unterschiedlichen Fälle? Es kommt nie darauf an, wo eine Leistung stattfindet, sondern wessen Leistung sie eigentlich ist und wem sie wirtschaftlich zuzurechnen ist. Und diese Zurechnung muss ein Krankenhaus für jeden einzelnen Erlösstrom nachweisen können – nicht irgendwann, sondern in der laufenden Buchhaltung.
Vier Sphären, eine Bilanz
Um diese Zurechnung zu systematisieren, arbeitet das Gemeinnützigkeitsrecht mit vier Sphären: dem ideellen Bereich, der Vermögensverwaltung, dem Zweckbetrieb und dem steuerpflichtigen wirtschaftlichen Geschäftsbetrieb. Jede Einnahme, jede Ausgabe eines Krankenhauses muss rechnerisch einer dieser vier Kategorien zugeordnet werden. Die stationäre Behandlung landet typischerweise im Zweckbetrieb, Zinserträge aus Rücklagen in der Vermögensverwaltung, Cafeteria-Erlöse von externen Besuchern eher im wirtschaftlichen Geschäftsbetrieb.
Das ist keine bloße Fleißarbeit für die Buchhaltung. Werden Verluste aus einem nicht begünstigten Geschäftsbetrieb dauerhaft mit Mitteln des Zweckbetriebs querfinanziert, kann im Extremfall der gesamte Gemeinnützigkeitsstatus der Einrichtung ins Wanken geraten. Im Gegenzug bleiben die Einkünfte eines echten Zweckbetriebs unabhängig von ihrer Höhe von der Körperschaftsteuer befreit, und bei der Umsatzsteuer greift meist der ermäßigte Satz oder sogar eine vollständige Befreiung. Es steht also einiges auf dem Spiel – in beide Richtungen.
Was sich seit 2026 geändert hat
Etwas Entlastung gibt es immerhin seit Jahresbeginn. Mit dem Steueränderungsgesetz 2025, das der Bundestag Anfang Dezember 2025 verabschiedet hat und das zum 1. Januar 2026 in Kraft getreten ist, wurden mehrere Grenzwerte angehoben. Die Umsatzfreigrenze für den steuerpflichtigen wirtschaftlichen Geschäftsbetrieb stieg von 45.000 auf 50.000 Euro, die Freigrenze bei der Pflicht zur zeitnahen Mittelverwendung wurde auf 100.000 Euro angehoben. Körperschaften unterhalb dieser Umsatzschwelle müssen ihre Sphären künftig sogar nicht mehr im Detail zuordnen.
Für kleinere Nebenbetriebe eines Krankenhauses – einen Kiosk etwa, oder eine gelegentliche Vermietung – bedeutet das etwas mehr Luft zum Atmen. An der grundsätzlichen Pflicht zur sauberen Trennung ändert das aber nichts, sobald die neuen, höheren Schwellen überschritten werden. Und bei größeren Klinikkonzernen mit mehreren Standorten, Ambulanzen und angeschlossenen Nebenbetrieben ist das eher die Regel als die Ausnahme. Die Abgrenzungsfrage bleibt also ein Dauerthema – nur eben mit etwas großzügigeren Schwellenwerten.
Und hier kommt der Wirtschaftsprüfer ins Spiel
Die Rechtsprechung liefert die Kriterien. Angewendet werden müssen sie trotzdem jedes Jahr neu, in der laufenden Buchhaltung und am Ende im testierten Jahresabschluss. Genau an diesem Punkt wird die Zweckbetriebsfrage zur Aufgabe des Wirtschaftsprüfers im Krankenhaus. Er prüft nicht nur, ob Bilanz und Gewinn- und Verlustrechnung formal stimmen, sondern auch, ob die Zuordnung der Erlöse zu den vier Sphären der Gemeinnützigkeit nachvollziehbar und in sich konsistent ist.
Was heißt das konkret? Der Prüfer verschafft sich zunächst einen Überblick über die Belegungstage-Statistik, mit der die 40-Prozent-Grenze nach § 67 AO belegt wird. Er kontrolliert, ob Erlöse aus Chefarztambulanzen sauber als steuerpflichtiger Geschäftsbetrieb ausgewiesen sind – und nicht versehentlich im Zweckbetrieb mitlaufen, wie es vor dem BFH-Urteil in vielen Häusern durchaus üblich war. Und er beurteilt, ob der gewählte Aufteilungsschlüssel für gemischt genutzte Bereiche wie die Mitarbeitercafeteria plausibel begründet ist. Seit dem BFH die 15-Prozent-Pauschale kassiert hat, reicht eine grobe Schätzung als Nachweis jedenfalls nicht mehr aus.
Für Kliniken ist diese Prüfung mehr als eine Formalität. Eine fehlerhafte Zuordnung fällt in der Regel zuerst bei einer Betriebsprüfung des Finanzamts auf – und das ist deutlich unangenehmer, als sie vorher gemeinsam mit dem Jahresabschlussprüfer zu korrigieren. Kein Wunder also, dass sich einige auf das Gesundheitswesen spezialisierte Prüfungsgesellschaften mittlerweile eigene Kompetenzteams für Krankenhäuser leisten, die neben der klassischen Rechnungslegung gezielt auch gemeinnützigkeitsrechtliche Fragen mitdenken.
Fazit: Ein Status, der jedes Jahr neu verdient werden muss
Der Zweckbetrieb-Status wird einem Krankenhaus nicht einmal verliehen und dann für immer gewährt. Er muss Jahr für Jahr durch die tatsächliche Geschäftsführung belegt werden – durch die Belegungsstatistik, durch die korrekte Zuordnung jeder einzelnen Erlösquelle, durch eine Buchhaltung, die diese Zuordnung im Zweifel auch gegenüber dem Finanzamt verteidigen kann. Steuerberater und Wirtschaftsprüfer übernehmen dabei komplementäre Rollen: Während der Steuerberater die laufende Deklaration verantwortet, bestätigt der Wirtschaftsprüfer im Rahmen der Jahresabschlussprüfung, dass diese Zuordnung insgesamt stimmig und dokumentiert ist. Wer als Klinikträger beide Perspektiven frühzeitig zusammenbringt, erspart sich in der Regel genau die Überraschungen, die sonst erst bei der nächsten Betriebsprüfung auftauchen.
Schreibe einen Kommentar